遊戲的故事發生於FC第一作Metroid和GB第二作MetroidII Return of Samus之間。在上次對於宇宙海盜老巢Zebes星的圍剿中，一些海盜僥幸逃脫，流竄於銀河。他們保存了迷之生命體――Metroid。噩夢之後的心，把稱霸銀河之夢以及Samus帶給的恥辱，都藏在深處，等著萌芽。
一次搜尋中，海盜接收到來自未知星球的強大物質所輻射出來的未知能量，於是海盜在這個星球上降落，這星球就是Tallon IV。經過研究，海盜發現這種物質具無比強大的能量，如果善加利用，將會得到無窮的力量。海盜把這種強大的神秘物質定名爲Phazon。
於是，稱霸銀河的種子蘇醒了。
PRIME三部曲第一作,構思精巧,情節曲折.外刊評價很高