超人氣TV動畫《MACROSS》的電影終於公映，劇場版《超時空要塞MACROSS可曾記得愛》在TV結束後同期開始制作，監督由TV版的監督石黑升和《MACROSS PLUS》的監督河森正治共同擔任，角色設計美樹本晴彥，歌曲仍由林明美的聲優飯島真理演唱。除了更具個性色彩的主人公和設計獨特的變形戰鬥機外，再次加深了超時空“愛”的主題，相愛的男女們，輝和未沙，輝和明美，他們所生活的街道，愛的記憶，宇宙中回蕩的情歌，人了的存亡，被再次推上了曆史的舞台。
未沙在地球的廢墟中找到一塊石闆上記載著一首歌，這是一首數萬年年在星際流傳的情歌，在最後之戰到來之際，以地球的命運爲賭注，拯救了步向滅亡的人類，沒錯，是普通的情歌，在漫長的戰爭中，愛逐漸被人們遺忘了，變得隻知道殺戮和戰爭，但是在他們的內心，確保留著對歌聲的美好回憶，當這首情歌再度流動在燃燒著的戰鬥的宇宙中時，一切都變成愛，這就是長100分鍾的電影所描述的，超時空要塞，MACROSS，愛，還記得嗎？
1999年，一艘神秘的外星宇宙戰艦墜落地球，人們花了10年時間將之修複並命名爲"MACROSS"。可是，舉行起航典禮的當天，月球軌道附近突然出現超太空重疊反應，而MACROSS的主炮竟自動發射，擊中傑特拉蒂帝國的偵察艦，第一次宇宙戰爭由此爆發。MACROSS要塞想利用空間跳躍擺脫敵人，可是由於系統故障跳躍到冥王星軌道。
公元2009年，土星軌道上，MACROSS要塞緩緩的向地球行進。要塞內部正在舉辦一場偶像歌星林明美的演唱會，人們伴隨著音樂的響起，暫時忘記了戰爭帶來的痛苦和恐怖。然而空襲警報響起，要塞開始了變形的180秒倒數，當艦內人們忙著趕往隱蔽所的時，激烈的戰鬥已經在艦外展開了。一架變形戰鬥機截下了沖向艦橋的敵人，並飛快的沖入要塞追擊闖入的敵人。戰鬥中，一條輝救下一名落入險境的少女，戰機卻由於速度過快撞進外層艙室。待情況穩定下來時一條發現自己救的竟是大明星林明美。爲使明美高興，一條竟然偷開教練機帶著明美去兜風。然而，不解風情的敵人出現，連同追他們而來的早濑未莎和明美的哥哥林凱，以及來救他們福克一起俘虜。經過對話，一條他們得知傑特拉帝人是通過單體無性繁殖的，男人和女人正在互相打仗。趁著女性突擊部隊侵入艦內的混亂，一條輝他們逃回戰機，而福克則爲了掩護同伴，不幸戰死。當一條輝和早濑蘇醒過來，發現戰機降落在一個荒蕪的星球上，可是他們怎麽也無法想象，這個除了沙漠就是海洋的星球竟然就是毀滅後的地球。他們發現了一座從海底升起的古代都市，在這裏他們了解到，五十萬年前，一個叫"普羅多"的古代文明發展到頂盛時，已經可以借遺傳密碼無性繁殖後代，於是國家分裂爲由男性組成的"傑特拉帝"和由女性組成的"赫而特蘭帝"開始了長達數萬年的戰爭。在戰爭中文明急劇衰退了，曾經偉大的文化被遺忘殆盡，退化成了隻會戰鬥的種族，而今天的地球人和傑特拉帝人都是普羅多人的後裔，具有基本相同的遺傳基因。在這裏找到的金屬片和從敵人處得到另一塊金屬片，裏面記載著普羅多文化的核心，一首幾十萬年前被普羅多人傳唱於街頭的情歌，名字叫《可曾記起愛》。最後，爲找回文化，了解更多戰鬥之外的生存意義，布利泰與要塞聯手，在明美優美的歌聲中，敵人士兵失去了戰鬥意志，隨著一條輝擊碎敵人首腦的爆炸聲響起，不同種族的戰士們終於迎來了和平。
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