1864年，幕末的京都。15歲的劊子手拔刀齋幹淨利落的執行著“天誅”的任務。“雖然我們無怨無仇，但爲了新時代，隻好要你們死！”一次暗殺京都所司代重倉十兵衛時，被一個武功並不怎麽樣的青年在臉頰上劃出一道傷痕。也許是因爲這個青年強烈的求生意志吧，“附著怨念的傷很難好的”。
接下來就是宿命的相遇：在酒館外的小巷，拔刀齋遭遇狙擊。殺死對手之際，鮮血濺上了路過的雪代巴白色的衣襟。雪代巴卻沒有驚駭的表情，隻是幽幽的說著： 你總是帶來——腥風血雨呢……
血腥味中的白梅香。這一次拔刀齋沒有殺人滅口，而是把昏迷的阿巴帶到了維新志士在京都的落腳處——小荻屋。自稱無處可去的阿巴留了下來。“如果當時我有刀在手，你會不會殺我呢？”劍心的答案是——不會，無論任何情形我也不會殺你。
池田屋事變後，維新力量遭到重創，京都成爲新撰組大開殺戒之所。爲保存實力，桂安排劍心和阿巴到郊區農捨假扮夫妻暫住。平靜溫馨的田園生活把兩個人的距離更加拉近了。阿巴終於說出了自己的身世。原來她的未婚夫清裏在京都被殺，因爲後悔當初未能阻止其成行她才來到京都。
她沒有說的是殺死清裏的就是劊子手拔刀齋，而她參與了針對拔刀齋的暗殺計劃，被安排在其身邊尋找弱點。愛與恨隻有一線之隔。現在阿巴隻希望能夠和劍心一起守護兩人的小小幸福。但是一直伺機而動的敵人已經在結界森林布下了修羅場。“如果拔刀齋沒有弱點，我們就幫他制造一個。你，就是他現在最大的弱點。”
被告知阿巴就是內奸的拔刀齋遭到了沉重的打擊。向結界森林一路尋去，朝著一個個敵人揮劍，心中卻隻有阿巴的身影。終於拖著重傷的身體到了最後一關，六感都喪失了，僅憑著要再見阿巴的念頭和本能支撐著。在看來沒有勝算的時候，已經做好了同歸於盡的準備揮出最後一劍。但，斬過敵人的同時，這一劍也刺穿了在前面護住自己的阿巴的身體。
爲了保護所愛的人，死在愛人的手裏，對於阿巴來說，是死而無憾了吧？但，對於活下來的劍心呢。阿巴的匕首在清裏留下的傷疤上劃過，劍心臉上留下了十字傷，心中也留下了永遠的混合著血腥味的白梅香。
就是在那一刻起下的決心吧——他會好好的活下去，但是，在新時代，決不再殺人。飛天之劍，將隻爲保護生命而揮。這是對阿巴，也是對所有死在劍下的亡靈的承諾。