中文名: 分子模擬英文名: Tripos.Sybyl資源格式: 光盤鏡像版本: v7.3 For UNiX發行時間: 2007年04月25日制作發行: Tripos地區: 美國簡介:
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SYBYL完全的結合計算化學和分子模擬的環境，提供了解分子結構和性質的基量，特別指的是新的化學實體的性質。
基本操作平台（包括開發平台)
基於配體的藥物設計（藥效團概念、QSAR和ADME）
藥物設計（虛擬篩選和de novo設計）
組合化學 （化學庫設計和分子多樣性）
結構生物學（大分子模擬和同源模建）
信息學 （生物信息學和化學信息學）
NMR相關模塊
基本操作平台（包括開發平台）
SYBYL/BASE Tripos軟件基本運行平台，包括分子構建、結構顯示、分子力學計算。文件輸入/輸出等基本功能。
Advanced Computation 分子三維構象的搜索、分析工具, 幫助尋找分子最低能量構象
MM4 全新的分子力場
MMFF94 新增加的一個分子力場，其參數都是通過從頭計算結構擬合而來。
MOLCAD 分子表面性質的計算和顯示。
AMPAC 采用半經驗的量化計算方法預測分子的三維結構和電荷分布屬性。
MOPAC 半經驗量化計算。
Dynamics 分子動力學計算。
SPL（Sybyl Programming Language）語言 種腳本語言，類似於unix的shell腳本，具有很強的可讀性。充分利用sybyl軟件命令和參數，加入簡
單的選擇語句和循環語句，用戶便能更簡便、更自由且自動地完成Sybyl軟件的功能。SPL最常見的用
途是編寫一個很短的程序, 即可快速地完成大量的重復的工作, 使用戶從枯燥的工作中解脫出來，達
到事半功倍的效果。使用SPL語言編寫的腳本程序可以非常方便的和他人共享。 SYBYL軟件包中也提供
了一些SPL編寫的腳本。
SLN（Sybyl Line Notation）語言 以文本字符串的方式來記錄化合物的各種數據信息。比如：化合物的注冊序列號、名字、不確定的原
子基團或片斷，特定的子結構查詢等SLN 主要以原子、化學鍵、支鏈、環和屬性來描述化合物。
基於配體的藥物設計(藥效團概念,QSAR 和 ADME)
QSAR with CoMFA 定量構效關系研究工具集，可用於先導化合物的結構修飾及改造。
Advanced CoMFA CoMFA模塊的擴展功能，包括了幾種特殊分子場及QSAR 擴展工具。
VolSurf 預測化合物的吸收、分布、代謝、排洩（ADME）等性質。
HQSAR 全息定量構效關系研究方法，在沒有分子的三維結構信息的情況下自動建立高預測能力的QSAR模型。
Distill 根據相同的子結構對一組化合物進行分類，顯示可視的SARs。
ALMOND 用來產生GRid INdependent Descriptors(GRIND)，用於3D-QSAR。
DISCOtech 進行活性官能團預測，即通過分析一系列化合物的可能構象進而推測它們共有的可能的藥效基團。
Tuplets 不需要三維結構模型的基於藥效團的數據庫篩選工具。
GASP 采用遺傳算法的受體活性位點的預測。
Molconn-Z 用於計算基於分子拓撲結構的QSAR描述符。
RECEPTOR 利用官能團間距離作為限制條件，尋找藥效基團的共有結構。
ClogP/CMR 計算分子的脂水分配系數及分子摩爾折射,用於QSAR。
hint 分析疏水性、疏水相互作用，可用於CoMFA分析。
ZAP 計算和顯示分子的靜電勢，用於QSAR。
藥物設計（虛擬篩選和de novo設計）
FlexX 快速精確地將配體與蛋白質活性位點進行柔性對接計算，用於虛擬篩選。
FlexX-Pharm FlexX的增強性的模塊，能夠讓FlexX進行以藥效團為核心加以空間限制的對接。
FlexE 對接計算中考慮蛋白質的結構柔性與狀態變化。
FlexS 基於分子形狀的分子迭合和篩選工具。
CombiFlexX 運用組合化學的方法產生類似分子並自動進行對接，以減少需要合成的化合物的數量。
CScore 提供了評價配體-受體之間相互作用的多種方法，用於對接結果的一致性評價。
LeapFrog 利用已知的受體蛋白質結構或QSAR模型進行de novo 配體設計，並可用於優化先導化合物。
RACHEL 先導化合物的經典優化工具。
組合化學 （化學庫設計和分子多樣性）
CombiLibMaker 建立和存儲虛擬組合庫，包括了化合物的三維結構，還能在實驗前對關注的化合物進行計算。
OptDesign 設計和編輯組合庫，選擇的化合物考慮到了合成、購買等實際條件的約束條件。
Selector 通過分析化合物數據庫中分子的多樣性信息，降低數據庫中化合物的數量。
DiverseSolutions 分子多樣性分析工具，可以用於分子數據庫的比較、合並、補集生成，也可以通過已知活性
化合物選擇庫中化合物。
ChemEnlighten 適用於各種大小型數據集的分析環境，可以訪問大型數據表格，進行分析並生成分析報告。
CONCORD 將化合物的二維結構轉化為三維結構的通用工具，已成為行業標准之一。
StereoPLex 將含有手性碳原子分子的二維結構轉化為三維結構，生成一系列的光學異構體，擴展化合物
的異構數據庫。
結構生物學（大分子模擬和同源模建)
Biopolymer 研究生物大分子（蛋白質、核酸、糖）的基礎工具，提供生物大分子的力場參數。
MatchMaker 基於 inverse folding 方法，預測蛋白質的三維結構。
SiteID 生物大分子結合位點的分析和可視化的工具。
Composer 蛋白質三維結構的同源模建。
ProTable 對蛋白質的立體結構和性質進行合理的分析和評價。
信息學 （生物信息學和化學信息學）
GeneFold 通過氨基酸序列結合同源信息與threading方法預測蛋白質的結構和功能。
FUGUE 劍橋大學開發的同源模建工具，在同源性低的情況下也能夠幫助找到良好的蛋白模板。
Unity 化學數據庫的搜索、分析、管理系統。搜索方法包括二維子結構搜索，相似度搜索，基於藥
效團的搜索等等。
AUSPYX 基於Oracle數據庫，存儲和直接搜尋化合物結構以及相關數據。
HiVol 對大量數據進行高通量的虛擬篩選。
NMR相關模塊
TRIAD NMR數據分析的基本平台。對多維的NMR數據進行分析，處理和虛擬顯示的
MARDIGRAS NMR 中二維的NOE數據分析模塊。
DYANA 根據NMR測量數據快速正確的計算出蛋白質和核酸的三維結構。
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